A data da descoberta da ilha é controversa, embora se saiba que a ilha das Flores foi descoberta mais tarde do que as outras ilhas dos Açores. Diz-se que Flores foi avistada em 1452 por Diogo de Teive e seu filho. Inicialmente designada por São Tomás ou Santa Iria, a ilha foi rapidamente rebaptizada de Flores, uma vez que toda a ilha se encontrava coberta por uma abundância de flores silvestres, cujas sementes eram provavelmente "trazidas" da América do Norte por aves migratórias. Distante do resto dos Açores e com poucas exportações, a Ilha esteve isolada do mundo durante séculos. O desenvolvimento da agricultura e da pecuária, a melhoria das instalações portuárias, a construção de um aeroporto e a presença de uma estação francesa de controlo por satélite são acontecimentos recentes que abriram novos horizontes de progresso para a ilha.